Pablo Márquez begann seine musikalische Ausbildung im Alter von zehn Jahren und gab drei Jahre später sein erstes Konzert zusammen mit dem Orchester von Salta. Er studierte bei Jorge Martinez Zaráte und Eduardo Fernández bevor es ihn nach Europa zog, um sich in Alter Musik bei Javier Hinojosa und Dirigieren bei Eric Sobzyck, Rodolfo Fischer und Peter Eötvös zu vertiefen. Márquez ist als freischaffender Künstler tätig und konzertiert international, nachdem er in sehr jungem Altereinstimmig erste Preise beim Internationalen Wettbewerb von Radio France, beim Villa-Lobos Gitarren Wettbewerb in Brasilien und ausserdem bei den Wettbewerben in Genf und München gewonnen hat.

Bei seiner internationalen Konzerttätigkeit hatte er viele Begegnungen mit zahlreichen, beachtlichen Musikerpersönlichkeiten. Weitere Studien beim ungarischen Pianisten György Sebök, sowie die Begegnung mit Dino Saluzzi, an dem sich Márquez wandte, um seine eigenen Wurzeln in Argentinischer Musik wiederzuentdecken, hatten starke Einflüsse auf seinen künstlerischen Werdegang.

Zu den MitmusikerInnen von Márquez zählen unter anderem der Bandoneon Spieler Dino Saluzzi und seine Familien Gruppe, die Geigerin Patricia Kopatchinskaja, die Violoncellistinnen Anja Lechner und Anne Gastinel, Querflötist Mario Caroli, sowie das Rosamunde Quartett.

Seine kontinuierliche Hingabe für Neue Musik führte zu vielen Uraufführungen und enger Zusammenarbeitmit vielen Komponisten wie beispielsweise Luciano Berio, György Kurtág und Mauricio Kagel.

Márquez tritt im Rezital in den wichtigsten Konzerthäusern und Festivals auf (Concertgebouw in Amsterdam, Philharmonie in Paris, Toranomon Hall in Tokyo, Teatro Colón in Buenos Aires, Herkulessaal in München, Festival Ultraschall in Berlin, Aix-en-Provence Festival, International Festival in Macao, Quincena Musical de San Sebastián…). Ausserdem ist er regelmässig Solist bei wichtigen Orchestern (Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Nordwest Deutsche Philharmonie, Radio France Philharmonie Orchester, Ensemble Intercontemporain, Plural Ensemble) u. a. unter der Leitung von Josep Pons, Susanna Mälkki, Mark Foster, Fabián Panisello und weiteren DirigentenInnen.

Seine CD-Einspielungen erscheinen bei ECM New Series, Kairos und Naïve und erhielten Auszeichnungen wie den Grand Prix du Disque Charles Cros, den Amadeus Preis und den RTL Classique d’Or. Die Narváez-Aufnahme, bei ECM erschienen, wurde für die beste Einspielung des Jahres 2007 von der „Neuen Musik Zeitung“ in der Kategorie Alte Musik und als beste Aufnahme des Jahres in der Kategorie Klassik von „Readings in Australia“ nominiert.

Pablo Márquez unterrichtet zurzeit an der Musik-Akademie der Stadt Basel, Hochschule für Musik.